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Alien l' unico accenno di spiritualità è nel "funerale" di Kane quando Dallas sente il bisogno di chiedere se qualcuno voglia dire qualcosa, prima di liberarlo al suo eterno riposo fluttuante nello spazio (un bisogno ancestrale, retaggio di una ritualità ormai perduta) nessuno risponde e tutti assistono ammutoliti, questo a rimarcare la solitudine della condizione umana di fronte all' orrore cosmico.
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Aliens non ricordo veri e propri riferimenti religiosi, tuttavia la Regina può essere letta come una sorta di mostruosa dea madre, che abita le viscere della terra (...lei è la terra Buliwyf, cercala nella terra!).
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Alien3 come è già stato detto nei commenti precedenti c' è sicuramente la parodia della crocifissione nel finale e dico parodia perché ritengo che, dal suo punto di vista, un fedele cristiano (quale io non sono) consideri il sacrificio della divinità come un gesto unico e inimitabile, ad esempio la tradizione che vuole s. pietro crocifisso a testa in giù perché non degno del suo maestro e bla bla... oppure penso al Signore deli Anelli dove l' autore, cattolico, orchestra un finale dove similmente ad Alien il protagonista deve sacrificarsi nel fuoco purificatore, ma mentre Ripley compie un gesto diciamo "cristico" in Tolkien invece è il male a divorare se stesso.
Per quanto riguarda la spiritualità, al di la dei roboanti sermoni di Dillon, direi ve ne sia ben poca, e la religiosità della setta credo vada letta (e questo anche nella vita reale) come un fatto prettamente politico e cioè come un insieme di ferree leggi e tabù
atte a reprimere quegli istinti, principalmente di natura sessuale, che si ritiene porterebbero la comunità all' autodistruzione, ovviamente questi istinti dissolutori vengono risvegliati dall' elemento dionisiaco rappresentato da Ripley e dallo Xeno e questo sarebbe stato ancora più evidente se il Runner avesse mantenuto gli aspetti erotici ideati da Giger, le fattezze femminili, la lingua sinuosa e le valvole che dovevano emettere suoni (mi immagino una cacofonia orgiastica).
ne "la Clonazione" i riferimenti religiosi (tipo la cappelletta) me li ricordo un po' gratuiti e fuori contesto, ma a ridosso del 2000 metter croci ovunque faceva cosi "apocalisse"