Il film è il seguito di Alien vs. Predator. Scar, il Predator infetto alla fine del primo film dà vita al
predalien. Questo inizia ad attaccare ed uccidere i Predator nell'astronave e durante la battaglia un Predator distrugge accidentalmente lo scafo facendo precipitare la loro astronave sulla Terra, nella foresta di Gunnison in Colorado. I Predator muoiono tranne quello che ha distrutto lo scafo e tenta di attivare il dispositivo di autodistruzione sul suo braccio per distruggere tutto, ma viene fermato e ucciso dal Predalien. Dallas Howard nel frattempo, uscito di prigione, torna nella sua città e ritrova i suoi amici. Kelly O'Brien e torna dalla sua famiglia dopo aver servito l'esercito. Intanto molti facehugger (che si trovavano nell'astronave Predator e vengono liberati con l'impatto) iniziano a uscire dalle fogne e infettare la gente della cittadina.
Nel frattempo il segnale d'allarme lanciato dalla nave dei Predator raggiunge un pianeta lontano contattando Wolf Predator: un Predator combattente esperto, il quale si dirige sulla Terra per eliminare ogni traccia di Alien e della tecnologia avanzata dei Predator. Giunto sulla terra il Predator inizia a uccidere gli Alien. Un gruppetto di persone tra cui Dallas e Kelly, tenta di sopravvivere alle due letali specie in lotta. Durante la battaglia finale tra Predator e Predalien, i militari distruggono l'intera città con una bomba nucleare, eliminando mostri e umani.
La donna che appare alla fine del film è la signora Yutani, ovvero la seconda fondatrice (insieme a Charles "Bishop" Weyland) della famosa "compagnia", che tira le fila di tutti i film della serie di Aliens. Il vero nome della "compagnia" è appunto Weyland/Yutani, contrassegnati dal logo sul quale campeggiano una "W" con al centro una "Y" gialla. Nel secondo Alien (quello di Cameron) sulla colonia su Lv426 (il pianeta del primo Alien, dove Kane, della Nostromo, viene impregnato da un facehugger uscito da una delle uova trovate a bordo della nave aliena dello "Space Jockey") il logo Weylan/Yutani campeggia ovunque.
