Se parliamo di cattivi "enormi" non posso esimermi dal mettere sul mio personale podio Griffith (o "Grifis"), da Berserk
un personaggio complesso il cui percorso ed ideali sono sfaccettati in molti modi, da una delle piu' belle opere mai realizzate.
Difficile argomentare senza spoilerare, ma in generale è un personaggio il cui simbolo e azioni sono impresse in ogni lettore di manga.
Poi soggettivamente palrando nomino
Madara Uchiha,
da Naruto, una serie presa un poco sottogamba dalla cultura generale, anche a causa del pessimo adattamento animato;
il manga secondo me però rivela grande profondità, e Madara è un esempio perfetto dei suoi messaggi e della sua scrittura, apprendo come un personaggio mai "bianco o nero"
e Light Yagami,
protagonista di Death Note, non so se sia opportuno classificarlo comunque come villan ma di certo viene dipinto come "il malvagio della storia" seppur narrata sal suo punto di vista, offre molti spunti di riflessione.