Un satellite sopra l'Antartide rivela un improvviso aumento di temperatura, e un gruppo di umani guidati da Alexa Woods indagano e capiscono che si tratta di una piramide e decidono di andare ad esplorarla. Arrivati a destinazione si dividono in due gruppi; uno, guidato da Alexa, andrà in avanscoperta nella piramide mentre l'altro starà a fare la guardia. Appena entrati, il gruppo di Alexa attiva involontariamente un'antica trappola che risveglia una Xenomorfo regina ibernata che, essendo imprigionata, è costretta a produrre uova.
Successivamente il gruppo arriva nella camera sacrificale e si divide ancora e ancora Alexa guiderà il gruppo che continua l'esplorazione, intanto in superficie, il gruppo che faceva la guardia viene attaccato e finito da tre Predator: Celtic (che pare essere il leader del trio), Chopper e Scar. Alexa trova le armi al plasma Yautja e decide di prenderle, intanto nella camera sacrificale, tutti i membri del gruppo guidato da Rosseau vengono infettati dai facehugger usciti dalle uova. Intanto, la piramide cambia configurazione e il gruppo di Alexa viene diviso e tutti quelli isolati vengono uccisi dagli Alien.
I soli quattro superstiti (tra cui Alexa e un uomo di cui si è innamorata, Sebastian) vengono attaccati da Celtic che ne uccide uno, Alexa tenta di colpirlo alle spalle, ma viene stordita da un calcio di Chopper, il Predator sta per ucciderla quando viene infilzato da una coda, che si rivela essere quella di un Alien (Grid Alien) che uccide Chopper con la lingua dentata; Celtic, vedendo lo xenomorfo, lo attacca e i tre superstiti -Alexa, Sebastian e Weiland (il finanziere della spedizione )- ne approfittano per fuggire. Mentre Grid uccide anche Celtic, i tre umani sono seguiti da Scar e Weiland decide di sacrificarsi per dare il tempo a Alexa e Sebastian di scappare, ma Scar decide di risparmiare Weiland dopo averne costatato lo stato di salute precario, ma Weiland lo colpisce con un lanciafiamme improvvisato facendolo arrabbiare e Scar alla fine lo uccide.
Alexa e Sebastian osservano Scar uccidere uno Xenomorfo e marchiarsi con il suo sangue acido, (subito dopo Scar verrà infettato da un Facehugger) e capiscono come siano andate le cose: Milioni anni fa, i Predator trovarono la Terra, insegnarono agli umani a costruire e vennero venerati come dei, gli alieni tornavano ogni cento anni e pretendevano dei sacrifici per far riprodurre l'Alien (il loro più acerrimo nemico) e i giovani Predator dovevano ucciderli in un rito di passaggio per dimostrarsi degni di portare il marchio, ma se perdevano attivavano un bracciale che che generava un esplosione di potenza inaudita per assicurarsi che niente sopravvivesse.
Durante la fuga, Sebastian viene rapito dagli alien guidati da Grid, e Alexa rimane sola e non sa cosa fare, ma quando si volta, trova Scar che si appresta ad ucciderla, ma Alexa gli supplica di non farlo e gli restituisce la sua arma, però Scar viene attaccato da un Alien che però rivolge subito le sue atttenzioni su Alexa che prontamente prende il bastone Yautja (caduto a Scar) e uccide lo xenomorfo, intanto i due vengono attaccati da altri xenomorfi, Scar ne uccide un paio, ma poi si dileguano perché richiamati dalla matriarca. Allora Scar si riprende il bastone e se ne va. Alexia (non volendo rimanere sola) decide si seguirlo, ma Scar non sembra prenderla bene, però cambia subito idea, taglia la testa e la coda all'alien morto (facendone rispettivamente uno scudo e una lancia) e li dona ad Alexia, e i due si incamminano verso l'uscita.
Arrivati alla camera sacrificale trovano Sebastian ormai infettato e Alexa è costretta ad ucciderlo per non farlo soffrire. Intanto gli Alien liberano la regina e Scar decide di attivare il bracciale, dopo averlo attivato, lui e Alexa corrono verso l'uscita. Arrivati, Alexa programma il dispositivo a salita rapida e poco dopo salva Scar da un altro xenomorfo, i due si salvano dall'esplosione per un soffio, allora Scar si leva la maschera e decide di fare il marchio ad Alexa (vedendo quella donna come una potente guerriera), ma vengono attaccati dalla regina, che si è salvata ed è furiosa per la morte dei suoi figli. Durante il combattimento Alexa e Scar (che viene ferito a morte dalla coda della regina) si salvano reciprocamente la vita e riusciranno a far affondare la regina nelle gelide acque antartiche.
Dopo compaiono altri Predator insieme alla loro astronave, quattro di loro porteranno Scar -probabilmente già morto- a bordo mentre il loro capo dona ad Alexia (vedendo che porta il marchio) un potente bastone da combattimento Yautja, quella che nel videogame sarà la Lancia Composita (premio che probabilmente era destinato a Scar) e poi l'astronave decolla. Il film si chiude con il filmato di un nuovo tipo di Chestburster, il Predalien, che esce dal petto di Scar...
